奥特玛·希茨菲尔德。 1998/99赛季，希斯菲尔德开始了他的第一次拜仁执教经历。拜仁虽然在执教球队的第一个赛季无缘欧冠决赛，但当赛季他们仍然赢得了德甲和联赛杯冠军。 1999/00赛季，希斯菲尔德的球队完成了德甲、德国杯和联赛杯三项冠军。 2000/01赛季，他们赢得了欧冠联赛、德甲联赛和联赛杯冠军。 01/02赛季拜仁表现不佳，仅获得一次丰田杯冠军。然而2002/03赛季，希斯菲尔德再次率队夺得德甲和德国杯双冠王。 03/04赛季，拜仁罕见地遭遇了赛季四主力全部流失的经历。球队的糟糕表现迫使希斯菲尔德在赛季结束后离队。

菲利克斯·马加特.凭借在斯图加特的出色表现，马加特成为了拜仁的新任主帅。马加特在拜仁也表现出色，帮助球队赢得了2004/05和2005/06赛季的德甲和德国杯双冠王，但在欧冠赛场上他仍然功亏一篑。 06/07赛季，由于球队表现不佳，马加特于2007年1月31日黯然下课。

奥特玛·希茨菲尔德。在解雇马加特后，拜仁请回了他们的前任希斯菲尔德。由于此前债务过多，拜仁仅获得联赛第四，无缘欧冠。 2007/08赛季，拜仁在招募新球员后恢复了昔日的统治地位，希斯菲尔德也带领球队夺得了德甲和德国杯双冠王。赛季结束后，希斯菲尔德再次离开拜仁，出任瑞士国家队主帅。

于尔根·克林斯曼。德国在世界杯上的成功表现让很多人高估了克林斯曼的执教水平，拜仁也选择了他作为球队的新任主帅。然而，拜仁在黄金轰炸机的指挥下表现实在是差强人意，各项赛事均遭遇惨败。 2009年4月27日，拜仁高层忍无可忍，解雇了克林斯曼。

约瑟夫·海因克斯。之后克林斯曼解除了海因克斯球队临时主帅的职务。球队剩余5场比赛，拜仁取得4胜1平保持不败，但最终没能创造奇迹，最终屈居第二。

路易斯·范加尔。 2009/10赛季，荷兰名帅范加尔上任。带队第一个赛季，荷兰人就险些帮助拜仁实现三冠王，接连夺得德甲和德国杯冠军。遗憾的是，他们在欧冠决赛中被国际米兰击败。虽然他们在10/11赛季赢得了德国超级杯，但此后各条战线的糟糕表现导致范加尔在2011年4月10日被解雇。

安德里斯·琼克。范加尔下课后，球队助理教练容克成为临时主帅。本赛季剩余五场比赛，荷兰队取得四胜一平的成绩，帮助拜仁锁定第三名，获得下赛季欧冠资格。

约瑟夫·海因克斯。海因克斯在11/12赛季重返拜仁，但拜仁本赛季的表现有些惨烈。他们赢得了欧冠、德甲和德国杯冠军。没想到仅仅一个赛季后，球队在海因克斯的带领下，将这些冠军全部拿回来，夺得了三冠王。海因克斯在赛季结束后光荣退役。

何塞普·瓜迪奥拉。 13/14赛季，瓜迪奥拉开始了三年的拜仁生涯。虽然三年内完成德甲三连冠，并夺得两次德国杯、一次世俱杯和一次欧洲超级杯，但拜仁邀请瓜迪奥拉并不只是想称霸德国赛场。遗憾的是，拜仁这三个赛季都止步于欧冠半决赛。

卡洛·安切洛蒂。意大利人在16/17赛季接替了瓜迪奥拉的教练位置，并在16/17赛季带领球队赢得了德甲和德国超级杯冠军。 2017/18赛季初，安切洛蒂率队夺得超级杯冠军，但随后他的用人、战术、更衣室关系维护等方面出现问题，导致他于2017年9月28日下课。

威利·萨尼奥尔.安切洛蒂下课后，助理教练萨尼奥尔短暂担任临时主帅，并率队参加与柏林赫塔的比赛。结果，他们在两球领先的情况下被对手2:2追平。

约瑟夫·海因克斯。 2017年10月6日，拜仁官方宣布海因克斯回归并执教球队直至赛季结束。这是海因克斯第四次执教拜仁。老帅出手后一切自然就稳定下来，球队最终顺利夺得德甲冠军。

尼科·科瓦奇。 18/19赛季，科瓦奇上任球队新任主帅，并带领球队夺得当赛季德甲、德国杯和超级杯冠军。和他的前任一样，科瓦奇的第二个赛季也不尽如人意，他于2019年11月3日被解雇。

汉斯-迪特·弗利克。科瓦奇下课后，助理教练弗里克正式转为主帅并取得巨大成功，带领球队在19/20赛季夺得欧冠、德甲和德国杯三冠王。 20/21赛季，他率队夺得德国超级杯、欧洲超级杯和世俱杯冠军，使拜仁六夺冠军。虽然20/21赛季未能卫冕欧冠，但弗里克的球队仍然成功夺得德甲冠军。由于与萨利哈米季奇发生矛盾，弗里克在赛季结束后离队，接任德国国家队主帅。

朱利安·内格尔斯曼。 21/22赛季，年轻的纳格尔斯曼成为拜仁新任主帅。和之前的球员一样，他在第一个赛季就带领球队夺得了德甲联赛和德国超级杯的冠军。虽然他在执教的第二个赛季也获得了超级杯冠军，但之后的故事却又显得似曾相识。拜仁与纳格尔斯曼于2023年3月24日终止合同。